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Der erste Abt war Abt Hildulph. Die Zeit des Amtsantritts ist nicht genau bekannt. Danach folgten Abt Lithold und Abt Reginold. Beide Äbte sind im Totenbuch von Reichenau als tote Brüder des Klosters Ettenheimmünster erwähnt. Um das Jahr 830 wird Abt + Bischof Utto genannt. Um das Jahr 926 erwähnt man Abt Wolfhart.

In einer Beschreibung aus dem Jahr 1621, entnommen aus einer anderen Geschichte, deren Verfasser um das Jahr 1200 gelebt haben soll, werden die Äbte Eberhard, Herrmann Adelbero und Adelbert erwähnt. Die genauen Amtszeiten sind nicht bekannt.
In der 2.Hälfte des 11.Jahrhunderts lenkte Abt Bruno die Geschicke des Klosters Ettenheimmünster.
Von 1090 - 1116 war Abt Konrad I. Klostervorsteher. Danach folgte um 1120 Abt Konrad II. Dessen Nachfolger war Abt Werner. Danach (1142) leitete Abt Friedrich das Kloster. In den Jahren 1181 - 1211 legte man die Führung des Kloster in die Hände von Abt Burkhard.

Um 1225 folgte Abt Heinrich I., um das Kloster zu führen. Sein Nachfolger war im Jahr 1295 Abt Herrmann II. Um 1300 übernahm Abt Nicolaus I. die Führung des Klosters. Abt Hesso I. war um 1325/26 Abt des Klosters. Die Zeit der Abtswahl ist nicht bekannt. Um 1360 folgte Abt Nicolaus II.

Abt Jakob von Eschbach übernahm die Führung des Klosters. Die Zeit der Abtswahl ist unbekannt. Das Todesjahr ist 1396. Ungewiß ist auch die Abtswahl von Abt Laurentius (um 1405). Dies gilt auch für Abt Andreas I. (gestorben im Jahr 1438). In den Jahren 1438 - 1441 übernahm Abt Andreas II. die Führung des Klosters, gefolgt von Abt Heinrich Reif II. in den Jahren 1441 - 1470. Nicht bekannt ist die Abtswahl von Abt Hesso III. der im Jahr 1500 starb. Danach übernahm in den Jahren 1500 - 1544 Abt Laurentius II. die Führung des Klosters.
Abt Quirin Weber, der von Ettenheim stammte, leitete das Kloster in den Jahren 1544 - 1558. Abt Johannes Vollmer übernahm kurzzeitig von 1558 - 1559 die Führung. Von 1560 - 1582 leitete Abt Balthasar Imbser das Haus.

In den Jahren 1582 - 1592 übernahm Abt Laurentius III. die Leitung. Danach übernahmen folgende Äbte die Geschicke des Klosters:
Abt Johann Kaspar Brunner (1594 - 1600), Abt Severin Wagen (1600 - 1605), Abt Christophorus I. (1605 - 1608). Abt Christophorus II. (1608 - 1623), Abt Caspar Geiger (1623 - 1634), Abt Placidus Vogler (1634 - 1646). Abt Amandus Riedmüller (1646 - 1652). In den Jahren 1663 - 1686 übernahm Abt Franciscus Hertenstein die Leitung des Klosters Ettenheimmünster. Ihm folgte Abt Maurus Geiger in den Jahren 1686 - 1704. Danach war Abt Paulus Vogler der oberste Herr des Klosters. Abt Johann Baptist Eck war in den Jahren 1710 - 1740 sein Nachfolger. Abt Augustinus Dornblüt übernahm in den Jahren 1740 - 1774.
Diesem folgte Abt Landelin Flüm (1774 - 1793). Als letzter Abt in Ettenheimmünster war Abt Arbogast Häusler von 1793 - 1803 benannt. Abt Arbogast Häusler ist in der Kirchhofkapelle auf dem alten Friedhof Ettenheimmünster begragen. Das Kloster wurde im Jahr 1803 aufgehoben. (Säkularisation)